1904 wurde das Bode Museum noch als Kaiser Frierich Museum eröffnet. Seinen heutigen Namen erhielt es erst im Jahr 1956.
Im Zweiten Weltkrieg erlitt das Gebäude insbesondere im Bereich der Kuppel große Schäden. Beginnend in den 1950er Jahren wurde das Haus schrittweise wiederaufgebaut und in Betrieb genommen. In den 1990er Jahren begann die Generalinstandsetzung mit den ersten Teilbaumaßnahmen, im August 2000 schlossen sich die Bauarbeiten für die Grundinstandsetzung an. Das Münzkabinett wurde anlässlich seines 100. Geburtstages am 22. Oktober 2004 im Bode-Museum wiedereröffnet.
Seit dem 19. Oktober 2006 ist das gesamte Bode-Museum mit der Skulpturensammlung, dem Museum für Byzantinische Kunst, dem Münzkabinett und Werken der Gemäldegalerie wieder für die Öffentlichkeit zugänglich.
